Autoモードでなければ、Skillの1番目の発動は、自分でコントロールできますので、ボス前の敵へのダメージ状況をみて、Skill発動を我慢すればよいです。

Chapterが、いくつぐらいなのかわかりませんが、私は、Chapter6ぐらいまではエナジーを気にせずに進めていました。Lvもしくは、Heroの組み合わせの方が影響度が多く、エナジーが低かったので負けた、というのはChapter６ぐらいまではなかったです。